Thuế GTGT nông sản chưa chế biến từ ngày 01/01/2026 được tính theo cơ chế đặc biệt: doanh nghiệp, hợp tác xã mua sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến rồi bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào. Đây là nội dung sửa đổi của Luật 149/2025/QH15. Nếu bán cho hộ kinh doanh hoặc người tiêu dùng, thuế suất vẫn là 5%. Bài viết giúp doanh nghiệp thương mại nông sản xác định đúng từng giao dịch.
1. Nông sản chưa chế biến là gì trong luật thuế GTGT?
Nhóm này gồm sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường. Ví dụ quen thuộc: thóc, gạo, cà phê nhân, hồ tiêu, hạt điều thô, trái cây tươi, thủy sản tươi sống.
Ranh giới quan trọng là “sơ chế thông thường” và “chế biến thành sản phẩm khác”. Sản phẩm đã chế biến (ví dụ cà phê rang xay, trái cây sấy tẩm gia vị đóng gói) không thuộc nhóm này. Theo EY, nông sản đã qua chế biến, cùng với gỗ và măng, vẫn áp thuế suất 10%.
Tiêu chí sơ chế thông thường được liệt kê tại khoản 1 Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP: làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay xát, tách hạt, cắt, bỏ xương, ướp muối, đóng hộp kín khí, bảo quản lạnh (ướp lạnh, đông lạnh) và các hình thức bảo quản thông thường khác. Khi một mặt hàng nằm ở ranh giới, doanh nghiệp nên đối chiếu toàn văn hoặc hỏi cơ quan thuế quản lý.
2. Thuế GTGT nông sản qua ba giai đoạn pháp luật
Cách tính thuế với nông sản thô thay đổi hai lần trong vòng sáu tháng, nên dễ nhầm. Bảng dưới tổng hợp theo bản tin của EY:
| Khâu | Đến 30/6/2025 (Luật 2008) | 01/7/2025 – 31/12/2025 (Luật 48/2024 gốc) | Từ 01/01/2026 (Luật 149/2025) |
|---|---|---|---|
| Sản xuất, nhập khẩu | Không chịu thuế | Không chịu thuế | Không chịu thuế |
| Thương mại – bán cho DN, HTX | Không phải kê khai, tính nộp | 5% | Không phải kê khai, tính nộp; được khấu trừ đầu vào |
| Thương mại – bán cho hộ, cá nhân KD, người tiêu dùng | 5% | 5% | 5% |
Như vậy, Luật 149/2025/QH15 khôi phục nguyên tắc cũ cho khâu thương mại bán cho doanh nghiệp, đồng thời khẳng định rõ quyền khấu trừ đầu vào.
3. Khi nào không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT?
Doanh nghiệp được áp dụng cơ chế này khi đồng thời thỏa bốn điều kiện (khoản 1b Điều 4 Nghị định 181/2025, bổ sung bởi Nghị định 359/2025):
- Hàng hóa: nông sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường.
- Khâu: khâu kinh doanh thương mại (doanh nghiệp mua vào để bán ra, không phải tự sản xuất).
- Người mua: doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã.
- Người bán: doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
Người bán nộp thuế theo phương pháp trực tiếp (kể cả hộ, cá nhân kinh doanh) khi bán nông sản chưa chế biến ở khâu thương mại thì tính thuế bằng 1% × doanh thu.
Xác định thuế GTGT khi bán nông sản thô
- Đã chế biến?Có → thuế suất theo sản phẩm chế biến
- Tự sản xuất bán ra?Có → không chịu thuế
- Người mua là DN, HTX?Không → thuế suất 5%
- Không kê khai, tính nộp
Bản tin của EY cũng lưu ý: nông sản thô dùng làm thức ăn chăn nuôi và dược liệu trước đây áp nguyên tắc chung như nông sản thô; Luật 149/2025 bãi bỏ quy định dẫn chiếu này. Theo cách hiểu của EY, nhóm này có thể thuộc diện không chịu thuế hoặc không phải kê khai, tính nộp. Vì cách hiểu còn cần hướng dẫn, doanh nghiệp kinh doanh nhóm hàng này nên hỏi ý kiến cơ quan thuế trước khi áp dụng.
4. Được khấu trừ thuế đầu vào: lợi ích thực tế
Điểm khác biệt lớn so với “không chịu thuế” là doanh nghiệp vẫn được khấu trừ thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ hoạt động này: thuê kho, vận chuyển, bao bì, máy sấy, điện, dịch vụ kiểm định…
Nghị định 144/2026/NĐ-CP (hiệu lực 20/6/2026) bổ sung thêm: khi phân bổ thuế đầu vào dùng chung cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT được tính vào tử số. Tức là phần doanh thu nông sản bán cho doanh nghiệp được đối xử như doanh thu chịu thuế khi phân bổ, nên không làm giảm số thuế được khấu trừ. Chi tiết công thức xem bài phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung.
Ví dụ minh họa
Công ty E (khấu trừ) thu mua cà phê nhân của nông dân, sơ chế phơi sấy rồi bán. Số liệu giả định quý III/2026:
- Bán cho Công ty F (doanh nghiệp rang xay): 8.000.000.000 đồng → không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
- Bán cho các hộ kinh doanh: 2.000.000.000 đồng chưa thuế × 5% = 100.000.000 đồng thuế đầu ra.
- Thuế đầu vào hợp lệ (thuê kho, vận chuyển, bao bì, điện): 120.000.000 đồng, dùng chung cho cả hai luồng bán.
Vì doanh thu bán cho Công ty F được tính vào tử số khi phân bổ, toàn bộ 120.000.000 đồng đầu vào được khấu trừ. Thuế phải nộp: 100.000.000 − 120.000.000 nhỏ hơn 0 → không phải nộp, còn 20.000.000 đồng chuyển kỳ sau.
Lưu ý: tiền mua cà phê từ nông dân không có thuế GTGT đầu vào (người sản xuất bán ra thuộc diện không chịu thuế). Số liệu chỉ để minh họa.
5. Hóa đơn và kê khai khi bán nông sản cho doanh nghiệp
Doanh nghiệp vẫn phải lập hóa đơn GTGT khi bán hàng. Với giao dịch thuộc diện không phải kê khai, tính nộp, hóa đơn không ghi thuế suất 5% và không có tiền thuế; phần mềm hóa đơn điện tử thường có lựa chọn riêng cho trường hợp “không kê khai, tính nộp thuế GTGT”. Từ 01/7/2026, hóa đơn lập theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC; kế toán nên kiểm tra cách thể hiện trên mẫu hóa đơn của nhà cung cấp.
Trên tờ khai GTGT, doanh thu này được kê ở chỉ tiêu hàng hóa, dịch vụ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT, tách khỏi doanh thu không chịu thuế. Tách đúng chỉ tiêu giúp việc phân bổ đầu vào và đối chiếu với cơ quan thuế rõ ràng.
Chứng từ cần lưu để chứng minh điều kiện:
Hồ sơ nên lưu cho mỗi lô hàng bán cho doanh nghiệp
- Hợp đồng mua bán ghi rõ người mua là doanh nghiệp, hợp tác xã (có mã số thuế)
- Mô tả hàng hóa thể hiện tình trạng chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường
- Bảng kê thu mua nông sản đầu vào (khi mua của người sản xuất)
- Hóa đơn GTGT đầu ra lập đúng trường hợp không kê khai, tính nộp
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với đầu vào từ 5 triệu đồng
6. Phân biệt ba khái niệm hay bị dùng lẫn
Kế toán thương mại nông sản thường gặp ba khái niệm nghe gần giống nhau nhưng hệ quả khác hẳn. Dùng nhầm khái niệm sẽ dẫn tới sai hóa đơn, sai chỉ tiêu tờ khai và sai số thuế được khấu trừ.
Không chịu thuế, không phải kê khai tính nộp và thuế suất 0%
| Tiêu chí | Không chịu thuế | Không phải kê khai, tính nộp | Thuế suất 0% |
|---|---|---|---|
| Thuế đầu ra | Không có | Không có | 0 đồng |
| Khấu trừ đầu vào | Không | Có | Có |
| Ví dụ nông sản | Người sản xuất tự bán ra | DN thương mại bán cho DN, HTX | Nông sản xuất khẩu |
| Hoàn thuế riêng | Không | Không có trường hợp riêng | Có (trường hợp xuất khẩu) |
Điểm cần ghi nhớ: “không phải kê khai, tính nộp” không phải là miễn thuế theo nghĩa mất quyền khấu trừ. Doanh nghiệp vẫn kê khai đầu vào bình thường. Ngược lại, hàng hóa không chịu thuế thì thuế đầu vào tương ứng phải tính vào chi phí hoặc giá vốn.
Với nông sản xuất khẩu, doanh nghiệp áp thuế suất 0% nếu đáp ứng điều kiện về hợp đồng, tờ khai hải quan và chứng từ thanh toán. Khi đó, doanh nghiệp có thể đề nghị hoàn theo trường hợp xuất khẩu nếu số chưa khấu trừ hết đạt ngưỡng luật định.
7. Hoàn thuế với doanh nghiệp thương mại nông sản
Doanh nghiệp chỉ bán nông sản cho doanh nghiệp khác sẽ gần như không có thuế đầu ra, trong khi đầu vào vẫn được khấu trừ. Số chưa khấu trừ hết vì vậy dễ lũy kế.
Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (Điều 15) quy định các trường hợp hoàn cụ thể: xuất khẩu, dự án đầu tư, cơ sở chỉ sản xuất hàng chịu thuế 5%, giải thể, phá sản… Hoạt động thương mại nông sản thuộc diện không phải kê khai, tính nộp không có trường hợp hoàn riêng. Doanh nghiệp cần xem mình có thuộc một trường hợp hoàn khác hay không, ví dụ có xuất khẩu (xem hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu). Nếu không, số đầu vào tiếp tục được chuyển kỳ sau để khấu trừ.
Những lỗi thường gặp
- Tiếp tục tính 5% cho hàng bán cho doanh nghiệp từ 01/01/2026 theo thói quen của nửa cuối năm 2025.
- Áp “không kê khai, tính nộp” cho hàng bán cho hộ kinh doanh: phải tính 5%.
- Ghi “không chịu thuế” thay vì “không phải kê khai, tính nộp”, dẫn tới phân bổ sai và mất một phần khấu trừ.
- Áp cho hàng đã chế biến như cà phê rang, hạt điều tẩm gia vị.
- Không lưu chứng cứ người mua là doanh nghiệp khi bán qua trung gian.
Kết luận
Từ 01/01/2026, thương mại nông sản thô giữa các doanh nghiệp, hợp tác xã được hưởng cơ chế không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ đầu vào. Doanh nghiệp cần phân loại đúng hàng hóa, khâu kinh doanh và người mua cho từng giao dịch.
Nếu bạn cần rà lại hóa đơn, tờ khai năm 2026 theo cơ chế mới, đội ngũ rà soát sổ sách kế toán của TAVA có thể hỗ trợ. Tra thêm bảng thuế suất GTGT 0%, 5%, 10% và chuyên mục Thuế GTGT.