Hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu được áp dụng khi doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào của hàng xuất khẩu chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên trong tháng hoặc quý, sau khi bù trừ với số thuế phải nộp của hàng bán nội địa. Số được hoàn không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu của kỳ. Đây là quy định tại khoản 1 Điều 15 Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15, hiệu lực từ 01/7/2025. Bài viết hướng dẫn cách xác định số được hoàn, điều kiện chứng từ và những lỗi khiến hồ sơ bị loại.

1. Vì sao doanh nghiệp xuất khẩu thường có thuế GTGT chờ hoàn?

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chịu thuế suất 0%. Trong khi đó, nguyên liệu, máy móc, dịch vụ mua trong nước thường chịu 8% hoặc 10%. Kết quả là thuế đầu vào lớn hơn đầu ra, tạo ra số thuế chưa khấu trừ hết cộng dồn qua các kỳ.

Cơ chế hoàn thuế giúp doanh nghiệp thu hồi số tiền này thay vì để “nằm” trên tờ khai. Với doanh nghiệp xuất khẩu lớn, đây là khoản ảnh hưởng trực tiếp tới dòng tiền.

2. Điều kiện hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu

2.1. Điều kiện riêng của trường hợp xuất khẩu

Máy in hóa đơn bán lẻ đang in cuộn giấy biên nhận
Máy in hóa đơn bán lẻ đang in cuộn giấy biên nhận

Bốn ý chính:

  1. Xét theo tháng hoặc quý (theo kỳ khai thuế của doanh nghiệp).
  2. Bù trừ số thuế đầu vào của hàng xuất khẩu với số thuế phải nộp của hàng tiêu thụ nội địa trước.
  3. Số còn lại từ 300 triệu đồng trở lên mới được hoàn.
  4. Số hoàn tối đa 10% doanh thu xuất khẩu của kỳ; phần vượt được khấu trừ tiếp ở kỳ sau.

2.2. Điều kiện khấu trừ đặc thù với hàng xuất khẩu

Ngoài hóa đơn hợp pháp của đầu vào, hàng xuất khẩu phải có bộ chứng từ chứng minh việc xuất khẩu, gồm hợp đồng bán hàng hoặc gia công với bên nước ngoài, tờ khai hải quan và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn thêm điều kiện cho các trường hợp đặc thù: xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử ở nước ngoài, hàng gửi kho ngoại quan ở nước ngoài, sản phẩm nội dung thông tin số cung cấp cho bên nước ngoài.

2.3. Điều kiện hoàn chung

Theo khoản 9 Điều 15, doanh nghiệp phải kê khai theo phương pháp khấu trừ, có sổ sách kế toán, tài khoản ngân hàng theo mã số thuế và đáp ứng điều kiện khấu trừ đầu vào (bao gồm thanh toán không dùng tiền mặt với hóa đơn từ 5 triệu đồng, đã gồm thuế).

Điều kiện người bán phải kê khai, nộp thuế với hóa đơn đã xuất cho bên đề nghị hoàn (điểm c khoản 9 Điều 15 Luật 48/2024) đã bị Luật 149/2025/QH15 bãi bỏ từ 01/01/2026 (khoản 3 Điều 1). Nghị định 359/2025/NĐ-CP bãi bỏ quy định tương ứng tại Nghị định 181/2025 và cho phép hồ sơ hoàn đã tiếp nhận trước 01/01/2026 mà chưa có quyết định hoàn không phải đáp ứng điều kiện này.

Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ
Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ

3. Trường hợp không được hoàn thuế theo diện xuất khẩu

Luật loại trừ hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác. Theo Nghị định 181/2025 (Điều 29 khoản 1 điểm b), đây là hàng doanh nghiệp nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam rồi trực tiếp xuất khẩu hoặc ủy thác xuất khẩu.

Ngoại lệ: nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng xuất khẩu vẫn được tính vào trường hợp hoàn.

Ngoài ra, cần nhớ một số giao dịch có yếu tố nước ngoài không được áp thuế suất 0% theo Điều 9 Luật Thuế GTGT, ví dụ chuyển giao công nghệ, chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ ra nước ngoài, tái bảo hiểm ra nước ngoài, dịch vụ cấp tín dụng, chuyển nhượng vốn, sản phẩm phái sinh, dịch vụ bưu chính, viễn thông. Các giao dịch này không phải “xuất khẩu” theo nghĩa luật thuế GTGT, nên đầu vào tương ứng không được xét hoàn như hàng xuất khẩu.

Bàn tay cầm tờ hóa đơn giữa nhiều biên lai mua hàng
Bàn tay cầm tờ hóa đơn giữa nhiều biên lai mua hàng

4. Cách xác định số thuế được hoàn khi vừa xuất khẩu vừa bán nội địa

Doanh nghiệp vừa xuất khẩu vừa bán trong nước phải hạch toán riêng thuế đầu vào dùng cho hàng xuất khẩu. Nếu không hạch toán riêng được, số thuế đầu vào của hàng xuất khẩu xác định theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của kỳ.

  1. Xác định thuế đầu vào của hàng xuất khẩu

    Hạch toán riêng, hoặc phân bổ theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu.

  2. Tính số phải nộp của hàng nội địa

    Thuế đầu ra nội địa trừ thuế đầu vào nội địa.

  3. Bù trừ

    Lấy thuế đầu vào hàng xuất khẩu trừ số phải nộp nội địa (nếu dương).

  4. So ngưỡng 300 triệu

    Dưới ngưỡng → chuyển kỳ sau.

  5. Áp trần 10% doanh thu xuất khẩu

    Phần vượt trần chuyển kỳ sau.

Ví dụ minh họa

Công ty H sản xuất thép cán, khai thuế theo quý, không hạch toán riêng được đầu vào. Số liệu giả định quý III/2026:

  • Doanh thu xuất khẩu: 6.000.000.000 đồng (thuế suất 0%).
  • Doanh thu nội địa: 4.000.000.000 đồng, thuế suất 10% (sản phẩm sắt, thép thuộc nhóm “sản phẩm kim loại” tại Phụ lục I Nghị định 174/2025, không được giảm thuế) → thuế đầu ra 400.000.000 đồng.
  • Tổng thuế đầu vào hợp lệ: 1.200.000.000 đồng.

Tính toán:

  1. Tỷ lệ doanh thu xuất khẩu: 6 tỷ ÷ 10 tỷ = 60% → thuế đầu vào hàng xuất khẩu = 1.200.000.000 × 60% = 720.000.000 đồng; đầu vào nội địa = 480.000.000 đồng.
  2. Hàng nội địa: 400.000.000 − 480.000.000 nhỏ hơn 0 → không có số phải nộp để bù trừ; nội địa dư 80.000.000 đồng.
  3. Số đầu vào hàng xuất khẩu chưa khấu trừ hết: 720.000.000 đồng, vượt ngưỡng 300 triệu.
  4. Trần hoàn: 10% × 6.000.000.000 = 600.000.000 đồng.
  5. Số được hoàn: 600.000.000 đồng. Số còn lại 120.000.000 đồng (phần vượt trần) + 80.000.000 đồng (nội địa) = 200.000.000 đồng chuyển kỳ sau.
Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ
Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ

Đối chiếu: tổng chưa khấu trừ hết = 1.200.000.000 − 400.000.000 = 800.000.000 đồng = 600.000.000 hoàn + 200.000.000 chuyển kỳ sau. Ví dụ đã đơn giản hóa (một kỳ, không có số chưa khấu trừ chuyển từ kỳ trước); cách xác định chi tiết theo hướng dẫn của Bộ Tài chính tại Thông tư 69/2025/TT-BTC.

5. Thuế suất 0% cho khu phi thuế quan và doanh nghiệp chế xuất

Bán hàng, cung cấp dịch vụ cho doanh nghiệp chế xuất là nguồn “doanh thu xuất khẩu” phổ biến. Từ 01/7/2025, hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức trong khu phi thuế quan chỉ được 0% khi được tiêu dùng trong khu phi thuế quan và phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất xuất khẩu.

Nghị định 181/2025 liệt kê một số dịch vụ cho doanh nghiệp chế xuất được áp 0%, như vận chuyển, nâng hạ container tại cảng, nhà máy, kho hàng, xếp dỡ tại nhà máy, cảng, sân bay và các phí liên quan (chứng từ, niêm chì, đóng gói…). KPMG lưu ý doanh nghiệp vẫn cần xem xét từng loại dịch vụ thực tế có đạt tiêu chí hay không, và phải xuất trình hồ sơ khi cơ quan nhà nước yêu cầu.

Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ
Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từẢnh minh họa

Áp 0% sai cho dịch vụ không đủ điều kiện dẫn tới hai hậu quả: phải tính lại thuế đầu ra 8% hoặc 10%, và số hoàn liên quan bị thu hồi.

6. Hồ sơ và chứng từ cần chuẩn bị

Từ 01/7/2026, hồ sơ đề nghị hoàn nộp điện tử theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC. Doanh nghiệp nên chuẩn bị sẵn bộ chứng cứ:

Chứng từ cho mỗi lô hàng xuất khẩu

  • Hợp đồng bán hàng hoặc hợp đồng gia công với bên nước ngoài
  • Tờ khai hải quan đã thông quan
  • Chứng từ thanh toán qua ngân hàng của bên nhập khẩu
  • Hóa đơn xuất khẩu lập đúng thời điểm (chậm nhất ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày hàng hóa được thông quan – Nghị định 254/2026)
  • Bảng phân bổ thuế đầu vào giữa hàng xuất khẩu và nội địa (nếu không hạch toán riêng)
  • Bảng tính trần 10% doanh thu xuất khẩu của kỳ đề nghị hoàn
Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ
Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ

Khi chứng từ thanh toán xuất khẩu chưa về đến hạn, doanh nghiệp cần theo dõi và xử lý theo hướng dẫn của Nghị định 181/2025 để tránh bị loại khỏi số khấu trừ, hoàn.

Những lỗi thường gặp khi đề nghị hoàn thuế xuất khẩu

  • Quên trần 10%: đề nghị hoàn toàn bộ số chưa khấu trừ hết.
  • Không bù trừ với số phải nộp nội địa trước khi tính ngưỡng.
  • Đưa hàng nhập khẩu rồi xuất đi nước khác vào hồ sơ hoàn.
  • Áp 0% cho dịch vụ cung cấp cho doanh nghiệp chế xuất nhưng không phục vụ trực tiếp sản xuất xuất khẩu.
  • Lập hóa đơn xuất khẩu trễ so với ngày thông quan.
  • Thanh toán tiền mặt với hóa đơn đầu vào từ 5 triệu đồng.

Nếu hoàn sai bị phát hiện, doanh nghiệp phải nộp lại số tiền được hoàn, có thể bị phạt 20% số thuế hưởng sai và tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày.

Kết luận

Hoàn thuế GTGT xuất khẩu vận hành theo công thức rõ ràng: bù trừ nội địa, ngưỡng 300 triệu, trần 10% doanh thu xuất khẩu. Doanh nghiệp làm tốt hạch toán riêng và lưu đủ chứng từ thông quan, thanh toán sẽ chủ động được dòng tiền hoàn.

Xem thêm hoàn thuế GTGT dự án đầu tư và bảng thuế suất GTGT 0%, 5%, 10%. Nếu cần một lượt kiểm tra chứng từ trước khi nộp hồ sơ hoàn, bạn có thể tham khảo dịch vụ kế toán thuế trọn gói của TAVA.