Hoàn thuế GTGT dự án đầu tư được áp dụng khi dự án mới hoặc dự án mở rộng đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên, sau khi đã bù trừ với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh hiện có. Căn cứ là Điều 15 Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (hiệu lực 01/7/2025) và Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Bài viết tóm tắt điều kiện, các trường hợp bị loại, thời hạn nộp hồ sơ và cách chuẩn bị chứng từ để hồ sơ hoàn không bị trả lại.

1. Căn cứ pháp lý hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Khung pháp lý hiện hành gồm:

  • Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15, Điều 15 khoản 2 (hoàn thuế đối với đầu tư) và khoản 9 (điều kiện hoàn chung).
  • Luật 149/2025/QH15 (áp dụng từ 01/01/2026): bãi bỏ điều kiện người bán phải kê khai, nộp thuế với hóa đơn đã xuất cho bên đề nghị hoàn.
  • Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Thông tư 69/2025/TT-BTC (từ 01/7/2025): hướng dẫn chi tiết.
  • Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Thông tư 89/2026/TT-BTC (từ 01/7/2026): thủ tục, hồ sơ, giao dịch điện tử khi đề nghị hoàn.

2. Điều kiện để được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Máy in hóa đơn bán lẻ đang in cuộn giấy biên nhận
Máy in hóa đơn bán lẻ đang in cuộn giấy biên nhận

2.1. Điều kiện riêng của trường hợp dự án đầu tư

  1. Là dự án đầu tư mới hoặc dự án mở rộng theo pháp luật về đầu tư (kể cả dự án chia nhiều giai đoạn, hạng mục), đang trong giai đoạn đầu tư (chưa đi vào hoạt động có doanh thu). Dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp không thuộc diện này.
  2. Đã bù trừ số thuế đầu vào của dự án với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có).
  3. Số còn lại từ 300 triệu đồng trở lên. Dưới mức này, doanh nghiệp kết chuyển sang kỳ sau.

2.2. Điều kiện hoàn chung

Theo khoản 9 Điều 15, cơ sở đề nghị hoàn phải:

  • Nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
  • Lập, lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo pháp luật kế toán.
  • Có tài khoản tiền gửi ngân hàng theo mã số thuế.
  • Đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế đầu vào: hóa đơn hợp pháp, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hàng hóa, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên (đã gồm thuế), không thuộc trường hợp bị cấm.

Điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT với hóa đơn đã xuất cho cơ sở đề nghị hoàn” (điểm c khoản 9 Điều 15 Luật 48/2024) đã bị Luật 149/2025/QH15 bãi bỏ từ 01/01/2026 (khoản 3 Điều 1). Nghị định 359/2025/NĐ-CP bãi bỏ quy định tương ứng tại Nghị định 181/2025; hồ sơ hoàn đã được tiếp nhận trước 01/01/2026 mà chưa có quyết định hoàn cũng không phải đáp ứng điều kiện này.

Hồ sơ, giấy tờ và thủ tục
Hồ sơ, giấy tờ và thủ tụcẢnh minh họa

3. Các trường hợp dự án không được hoàn thuế

Luật quy định một số trường hợp dự án không được hoàn mà chỉ được kết chuyển số thuế sang kỳ sau:

Trường hợpHệ quả
Chưa góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuếKhông hoàn; kết chuyển kỳ sau
Kinh doanh ngành nghề có điều kiện nhưng chưa đủ điều kiện, hoặc không duy trì đủ điều kiện (trừ dự án đang đầu tư mà pháp luật chưa yêu cầu phải có giấy phép, hoặc không yêu cầu giấy phép)Không hoàn; kết chuyển kỳ sau
Dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản (trừ tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí)Không hoàn; kết chuyển kỳ sau
Dự án sản xuất sản phẩm là tài nguyên, khoáng sản khai thác đã chế biến thành sản phẩm khác thuộc khoản 23 Điều 5 Luật Thuế GTGTKhông hoàn; kết chuyển kỳ sau
Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ
Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ

4. Thời hạn nộp hồ sơ: 01 năm kể từ khi dự án hoàn thành

Nếu dự án (hoặc giai đoạn, hạng mục đầu tư) đã hoàn thành mà doanh nghiệp chưa đề nghị hoàn số thuế của giai đoạn đầu tư, hồ sơ phải nộp trong 01 năm kể từ ngày dự án, giai đoạn, hạng mục hoàn thành, tức ngày phát sinh doanh thu (điểm a khoản 2 Điều 15). Theo cách hiểu của Ban biên tập, quá thời hạn này doanh nghiệp không còn được xét hoàn theo trường hợp dự án đầu tư; nên xác nhận với cơ quan thuế về cách xử lý số thuế còn lại.

Khi xác định thời điểm dự án bắt đầu có doanh thu, luật không tính:

  • Doanh thu từ chạy thử.
  • Doanh thu hoạt động tài chính.
  • Doanh thu thanh lý nguyên vật liệu.

Vòng đời một dự án và các mốc hoàn thuế (ví dụ minh họa)

  1. Q1/2026Khởi công

    Giai đoạn đầu tư bắt đầu

    Kê khai riêng thuế đầu vào của dự án, bù trừ với hoạt động hiện có.

  2. Q3/2026Đủ ngưỡng

    Số chưa khấu trừ hết từ 300 triệu

    Có thể đề nghị hoàn theo kỳ.

  3. Q2/2027Có doanh thu

    Dự án hoàn thành, đi vào hoạt động

    Không tính doanh thu chạy thử khi xác định mốc này.

  4. Q2/2028Hạn chót

    Hết 01 năm kể từ ngày hoàn thành

    Số chưa đề nghị hoàn của giai đoạn đầu tư phải nộp hồ sơ trước mốc này.

Tách cà phê và hóa đơn thanh toán trên bàn quán
Tách cà phê và hóa đơn thanh toán trên bàn quán

5. Ví dụ minh họa cách tính số thuế được hoàn

Công ty G đang sản xuất, kê khai khấu trừ theo quý, đầu tư mở rộng thêm một nhà xưởng. Số liệu giả định quý III/2026:

  • Hoạt động sản xuất hiện có: thuế GTGT phải nộp 200.000.000 đồng.
  • Dự án mở rộng: thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ (máy móc, xây lắp) 900.000.000 đồng.

Bù trừ: 900.000.000 − 200.000.000 = 700.000.000 đồng. Số này từ 300 triệu đồng trở lên, nên Công ty G có thể đề nghị hoàn 700.000.000 đồng, đồng thời không phải nộp 200.000.000 đồng của hoạt động hiện có trong kỳ.

Giả sử số đầu vào của dự án chỉ là 450.000.000 đồng: 450.000.000 − 200.000.000 = 250.000.000 đồng, dưới 300 triệu → chưa được hoàn, kết chuyển sang kỳ sau và cộng dồn.

Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ
Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ

6. Bộ hồ sơ và chứng từ nên chuẩn bị

Từ 01/7/2026, hồ sơ đề nghị hoàn lập và gửi điện tử theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC, qua Cổng thuế điện tử, Cổng Dịch vụ công quốc gia hoặc T-VAN. Doanh nghiệp dùng mẫu giấy đề nghị hoàn ban hành kèm Thông tư 89/2026.

Ngoài mẫu đề nghị, cơ quan thuế có thể kiểm tra các chứng từ chứng minh điều kiện. Doanh nghiệp nên sắp xếp sẵn:

Chứng từ nên có trước khi đề nghị hoàn dự án

  • Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc văn bản chủ trương, quyết định đầu tư dự án
  • Chứng từ góp đủ vốn điều lệ (sao kê ngân hàng, sổ đăng ký thành viên/cổ đông)
  • Giấy phép, văn bản chứng minh đủ điều kiện nếu là ngành nghề kinh doanh có điều kiện
  • Bảng tổng hợp hóa đơn đầu vào của dự án, tách riêng với hoạt động hiện có
  • Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho hóa đơn từ 5 triệu đồng
  • Hợp đồng xây lắp, mua máy móc, biên bản nghiệm thu từng giai đoạn
  • Tờ khai GTGT các kỳ thể hiện số thuế của dự án và số đã bù trừ

Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 định hướng hoàn thuế tự động dựa trên dữ liệu, theo lộ trình. Dữ liệu hóa đơn điện tử đầu vào càng sạch, khả năng hồ sơ được xử lý nhanh càng cao. Phân loại hồ sơ hoàn trước hay kiểm tra trước khi hoàn do cơ quan thuế thực hiện theo quy định quản lý rủi ro.

Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ
Hồ sơ thuế và hóa đơn chứng từ

Những lỗi thường gặp khi đề nghị hoàn dự án

Hiểu lầm

Cứ có dự án đầu tư là được hoàn toàn bộ thuế đầu vào, không cần bù trừ.

Sự thật

Phải bù trừ với số phải nộp của hoạt động hiện có; số còn lại từ 300 triệu mới được hoàn.

  • Đề nghị hoàn khi chưa góp đủ vốn hoặc chưa có giấy phép con của ngành nghề có điều kiện.
  • Không tách riêng hóa đơn của dự án với hóa đơn của hoạt động thường xuyên.
  • Bỏ lỡ thời hạn 01 năm sau khi dự án có doanh thu.
  • Tính doanh thu chạy thử làm mốc hoàn thành, khiến xác định sai thời hạn.
  • Thanh toán tiền mặt cho nhà thầu với hóa đơn từ 5 triệu đồng, làm mất điều kiện khấu trừ.

Nếu hồ sơ bị kết luận hoàn sai, doanh nghiệp phải nộp lại số được hoàn, có thể bị phạt 20% số thuế hưởng sai và tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày.

Kết luận

Hoàn thuế GTGT dự án đầu tư giúp doanh nghiệp thu hồi dòng tiền đáng kể trong giai đoạn xây dựng, nhưng chỉ khi đáp ứng đủ ba lớp điều kiện: điều kiện của dự án, ngưỡng 300 triệu sau bù trừ và điều kiện hoàn chung. Hãy chuẩn bị chứng từ ngay từ khi khởi công, không đợi đến lúc nộp hồ sơ.

Xem thêm các trường hợp hoàn khác ở bài hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu và hoàn thuế cho doanh nghiệp chỉ bán hàng chịu thuế 5%. Nếu cần rà soát hồ sơ trước khi đề nghị hoàn, bạn có thể tham khảo dịch vụ rà soát sổ sách kế toán của TAVA hoặc liên hệ để được tư vấn.