Thủ tục thuế doanh nghiệp mới thành lập năm 2026 đã gọn hơn trước: không còn tờ khai lệ phí môn bài, doanh nghiệp được chọn khai GTGT theo quý, nhiều trường hợp được miễn thuế TNDN. Nhưng 90 ngày đầu vẫn có những quyết định ảnh hưởng nhiều năm, như chọn phương pháp tính GTGT, chế độ kế toán và cách thanh toán. Bài viết tổng hợp các việc cần làm theo thứ tự thời gian, dựa trên quy định có hiệu lực tại 25/10/2026.
Tóm tắt nhanh đọc trong 30 giây
- Mã số doanh nghiệp = mã số thuế; không còn môn bài từ 2026.
- Được chọn khai GTGT theo quý; hạn là ngày cuối tháng đầu quý sau.
- Dự kiến doanh thu ≤ 1 tỷ đồng/năm: miễn TNDN, không tạm nộp.
- Khoản mua từ 5 triệu đồng: phải chuyển khoản.
1. Những thủ tục đã được bỏ hoặc tích hợp
- Đăng ký thuế: tích hợp với đăng ký doanh nghiệp. Mã số doanh nghiệp trên giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế.
- Lệ phí môn bài: từ 01/01/2026 chấm dứt thu theo Nghị quyết 198/2025/QH15, nên doanh nghiệp mới không khai, không nộp. Xem thêm bài bỏ lệ phí môn bài từ 2026.
- Giao dịch điện tử: theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (hiệu lực 01/7/2026), đăng ký, khai, nộp, hoàn thuế chủ yếu thực hiện trên môi trường điện tử.
2. Lộ trình 90 ngày đầu: việc gì làm trước
Tuần 1–2: mở tài khoản ngân hàng, chuẩn bị chữ ký số
Tài khoản đứng tên doanh nghiệp là điều kiện để thanh toán không dùng tiền mặt; chữ ký số dùng để ký tờ khai, hóa đơn điện tử.
Tuần 1–2: chọn phương pháp tính thuế GTGT
Khấu trừ hay trực tiếp trên doanh thu (mục 3).
Tuần 2–4: đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử
Theo Nghị định 254/2026 và Thông tư 91/2026, áp dụng từ 01/7/2026.
Tháng 1: chọn chế độ kế toán, bố trí người làm kế toán
TT 133, TT 99 hoặc TT 58 với doanh nghiệp siêu nhỏ (mục 6).
Tháng 1–3: xác định ưu đãi TNDN
Miễn 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa, hoặc miễn khi doanh thu ≤ 1 tỷ đồng.
Cuối quý: nộp tờ khai GTGT quý đầu tiên
Kể cả khi chưa phát sinh doanh thu, nếu thuộc diện phải khai.
3. Chọn phương pháp tính thuế GTGT
Theo Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (hiệu lực 01/7/2025), phương pháp tính trực tiếp trên doanh thu áp dụng cho doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu năm dưới 1 tỷ đồng, trừ khi tự nguyện đăng ký phương pháp khấu trừ. Các doanh nghiệp còn lại áp dụng phương pháp khấu trừ.
Doanh nghiệp mới: khấu trừ hay trực tiếp?
| Tiêu chí | Khấu trừ | Trực tiếp |
|---|---|---|
| Khách hàng là doanh nghiệp | Được khấu trừ đầu vào | Không khấu trừ |
| Đầu tư ban đầu lớn | Được khấu trừ, có thể hoàn | Không khấu trừ |
| Yêu cầu sổ sách | Đầy đủ hóa đơn, chứng từ | Đơn giản hơn |
| Phù hợp | Bán cho doanh nghiệp, có đầu vào | Bán lẻ nhỏ, ít đầu vào |
Lưu ý: ngưỡng “1 tỷ đồng” của Luật Thuế GTGT với doanh nghiệp không phải ngưỡng không chịu thuế. Chỉ hộ, cá nhân kinh doanh có doanh thu không quá 1 tỷ đồng/năm mới không phải nộp GTGT. Thủ tục đăng ký phương pháp khấu trừ chi tiết theo Nghị định 181/2025 nên được kiểm tra với cơ quan thuế quản lý.
4. Kỳ khai thuế và tờ khai đầu tiên
Theo Thông tư 89/2026/TT-BTC (hướng dẫn Luật 108/2025, từ 01/7/2026), người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động được chọn khai GTGT theo quý. Nếu doanh thu năm dương lịch đầu tiên vượt 50 tỷ đồng, từ năm kế tiếp chuyển sang khai theo tháng.
| Nghĩa vụ | Kỳ | Hạn nộp |
|---|---|---|
| Tờ khai GTGT | Quý | Ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau |
| Tờ khai khấu trừ TNCN tiền lương (nếu phát sinh) | Quý từ 01/7/2026 (theo nguồn thứ cấp về TT 89, cần đối chiếu) | Ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau |
| Tạm nộp TNDN (nếu thuộc diện) | Quý, không nộp tờ khai | Ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau |
| Quyết toán TNDN, TNCN | Năm | Ngày cuối cùng của tháng thứ 3 sau khi kết thúc năm tài chính |
| Báo cáo tài chính năm | Năm | Chậm nhất 90 ngày kể từ kết thúc năm tài chính (Điều 25 Thông tư 99/2025) |
Ví dụ minh họa (giả định): Công ty B được cấp giấy chứng nhận ngày 15/8/2026, chọn khai GTGT theo quý. Tờ khai đầu tiên là quý III/2026. Hạn nộp là 31/10/2026 nhưng ngày này rơi vào thứ Bảy, nên lùi sang thứ Hai 02/11/2026. Lịch các kỳ tiếp theo xem bài lịch nộp thuế doanh nghiệp 2026.
5. Thuế TNDN: miễn 3 năm, miễn khi doanh thu ≤ 1 tỷ, thuế suất 15%/17%
Doanh nghiệp mới có thể thuộc một trong các trường hợp sau:
- Miễn TNDN 3 năm (khoản 4 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15; khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP): cho doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu, tính liên tục từ năm được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Loại trừ: doanh nghiệp thành lập do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình; doanh nghiệp có người đại diện theo pháp luật (trừ khi người này không góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người góp vốn cao nhất đã giữ vai trò tương tự ở doanh nghiệp khác còn hoạt động, hoặc ở doanh nghiệp đã giải thể chưa đủ 12 tháng.
- Miễn TNDN 02 năm cho doanh nghiệp thành lập mới từ hộ kinh doanh (khoản 4 Điều 15 Luật Thuế TNDN 67/2025): áp dụng với doanh nghiệp thuộc diện thuế suất 15%, 17%, tính từ khi có thu nhập chịu thuế. Xem bài hộ kinh doanh chuyển lên doanh nghiệp.
- Miễn TNDN khi tổng doanh thu năm ≤ 1 tỷ đồng (Nghị định 320/2025 bổ sung bởi Nghị định 141/2026, từ 01/01/2026): doanh nghiệp mới dự kiến doanh thu không quá 1 tỷ đồng thì không phải tạm nộp TNDN; nếu cuối năm vượt 1 tỷ, kê khai, quyết toán và không bị tính tiền chậm nộp. Không áp dụng cho công ty con hoặc doanh nghiệp có quan hệ liên kết với doanh nghiệp không đủ điều kiện.
- Thuế suất 15% hoặc 17% (khoản 2, 3 Điều 10 Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15): tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng áp 15%; trên 3 tỷ đến không quá 50 tỷ đồng áp 17%.
Doanh nghiệp tự xác định điều kiện miễn, nên kiểm tra kỹ danh sách loại trừ và lưu hồ sơ chứng minh; trường hợp còn băn khoăn, xác nhận với cơ quan thuế trước khi không tạm nộp.
6. Chế độ kế toán và người làm kế toán
- Doanh nghiệp nhỏ và vừa được chọn Thông tư 133/2016 hoặc Thông tư 99/2025 (TT 99 thay TT 200 từ 01/01/2026).
- Doanh nghiệp siêu nhỏ được áp dụng Thông tư 58/2026/TT-BTC (từ 01/7/2026): không bắt buộc bố trí kế toán trưởng; được bố trí người thân của người đại diện theo pháp luật làm kế toán, hoặc thuê dịch vụ làm kế toán.
Xem thêm bài doanh nghiệp nhỏ năm 2026 chọn Thông tư 133 hay Thông tư 99.
7. Thói quen thanh toán và hóa đơn ngay từ đầu
- Hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng (đã gồm thuế) phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ GTGT (từ 01/7/2025) và được trừ chi phí TNDN (từ 15/12/2025). Nộp tiền mặt vào tài khoản người bán không được tính.
- Hóa đơn bán ra lập đúng thời điểm theo Nghị định 254/2026: bán hàng là khi chuyển giao quyền sở hữu; dịch vụ là khi hoàn thành. Lập sai thời điểm bị phạt theo số lượng hóa đơn, xem bài phạt lập hóa đơn sai thời điểm.
- Kiểm tra nhà cung cấp trước khi giao dịch lớn để tránh hóa đơn từ doanh nghiệp “ma”.
Những lỗi thường gặp
- Nghĩ chưa có doanh thu thì không cần nộp tờ khai. Doanh nghiệp thuộc diện khai vẫn phải nộp tờ khai đúng hạn.
- Tự cho rằng được miễn 3 năm trong khi người góp vốn lớn nhất đang là chủ một doanh nghiệp khác.
- Trả tiền mặt các khoản mua sắm ban đầu trên 5 triệu đồng, mất khấu trừ và chi phí.
- Chọn phương pháp trực tiếp trong khi khách hàng chủ yếu là doanh nghiệp cần hóa đơn GTGT.
- Vẫn tìm cách nộp lệ phí môn bài theo hướng dẫn cũ trên mạng.
- Liên hệ nhầm cơ quan thuế. Từ 01/7/2025, cơ quan quản lý trực tiếp là Thuế tỉnh, thành phố hoặc Thuế cơ sở theo địa bàn mới, không còn Chi cục Thuế quận, huyện.
Kết luận
90 ngày đầu là thời điểm đặt nền móng cho hồ sơ thuế của doanh nghiệp. Bỏ môn bài, khai theo quý và các ưu đãi TNDN giúp giảm gánh nặng, nhưng doanh nghiệp cần xác định đúng điều kiện và thiết lập thói quen thanh toán, hóa đơn chuẩn ngay từ đầu.
Nếu bạn vừa thành lập doanh nghiệp và muốn có người lo trọn phần kê khai, tham khảo dịch vụ kế toán thuế trọn gói của TAVA và bảng giá.