Thuế GTGT phân bón 5% áp dụng từ ngày 01/7/2025, khi Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 có hiệu lực. Phân bón, máy móc thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp và tàu khai thác thủy sản xa bờ chuyển từ diện không chịu thuế sang thuế suất 5%. Thay đổi này làm khác hẳn cách doanh nghiệp hạch toán thuế đầu vào, lập hóa đơn và tính giá bán. Bài viết phân tích tác động cụ thể và việc doanh nghiệp cần làm.
1. Những mặt hàng nông nghiệp chuyển sang thuế GTGT 5%
Theo Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (Điều 9 khoản 2), các nhóm sau chịu 5% từ 01/7/2025:
- Phân bón, quặng để sản xuất phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, chất kích thích tăng trưởng vật nuôi (điểm b).
- Tàu khai thác thủy sản tại vùng biển và máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp theo quy định của Chính phủ (điểm g).
Trong đó, phân bón, máy móc chuyên dùng nông nghiệp và tàu khai thác thủy sản xa bờ là những nhóm trước đây không chịu thuế GTGT. Đây là điểm thay đổi lớn nhất.
Danh mục máy móc, thiết bị chuyên dùng nông nghiệp được liệt kê tại khoản 6 Điều 19 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (máy cày, máy bừa, máy phay, máy gieo hạt, máy cấy, máy phun thuốc bảo vệ thực vật, máy thu hoạch lúa, ngô, mía…); quặng để sản xuất phân bón (như quặng apatít, đất bùn làm phân vi sinh) được giải thích tại khoản 1 Điều 19. Doanh nghiệp nên đối chiếu từng mã máy với danh mục thay vì suy đoán từ tên gọi.
2. Khác biệt cốt lõi: “không chịu thuế” và “chịu thuế 5%”
Nhiều người nghĩ chuyển từ không chịu thuế sang 5% chỉ là “phải nộp thêm 5%”. Thực tế, tác động phức tạp hơn vì liên quan tới quyền khấu trừ đầu vào.
Doanh nghiệp sản xuất phân bón trước và sau 01/7/2025
| Tiêu chí | Không chịu thuế (trước) | Chịu thuế 5% (từ 01/7/2025) |
|---|---|---|
| Thuế GTGT đầu ra | Không có | 5% trên giá bán |
| Thuế GTGT đầu vào | Không được khấu trừ, tính vào chi phí | Được khấu trừ nếu đủ điều kiện |
| Hóa đơn | Ghi "không chịu thuế" | Hóa đơn GTGT, thuế suất 5% |
| Hoàn thuế | Không | Có thể hoàn theo điều kiện riêng của hàng 5% |
Với doanh nghiệp sản xuất, nguyên liệu, máy móc, điện, dịch vụ mua vào thường chịu 8% hoặc 10%. Trước đây, toàn bộ số thuế này nằm trong giá thành. Nay doanh nghiệp được khấu trừ, nên giá thành giảm, nhưng đầu ra phải tính 5%.
3. Ví dụ minh họa: tác động lên số thuế và giá thành
Công ty D sản xuất phân bón, kê khai khấu trừ. Số liệu giả định của một quý:
- Doanh thu bán phân bón chưa thuế: 10.000.000.000 đồng → thuế đầu ra 5% = 500.000.000 đồng.
- Thuế GTGT đầu vào hợp lệ (nguyên liệu, điện, bao bì, dịch vụ): 650.000.000 đồng.
Kết quả theo quy định mới:
- Thuế phải nộp trong quý: 500.000.000 − 650.000.000 nhỏ hơn 0 → không phải nộp.
- Thuế đầu vào chưa khấu trừ hết: 150.000.000 đồng, chuyển sang kỳ sau.
Nếu theo quy định cũ (không chịu thuế), 650.000.000 đồng thuế đầu vào phải tính vào giá thành. Theo quy định mới, khoản này được khấu trừ (500 triệu đồng bù ngay với thuế đầu ra, 150 triệu đồng chuyển kỳ sau hoặc xét hoàn), nên không còn nằm trong giá thành; đổi lại khách hàng phải trả thêm 5% trên hóa đơn.
Doanh nghiệp sản xuất hàng 5% thường có thuế đầu vào lớn hơn đầu ra, nên số chưa khấu trừ hết dễ cộng dồn qua nhiều kỳ. Phần tiếp theo trình bày cách được hoàn số này.
4. Hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp chỉ sản xuất hàng 5%
Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (Điều 15) bổ sung một trường hợp hoàn mới rất quan trọng với ngành phân bón:
Ba điểm cần nhớ:
- Chỉ tính số thuế đầu vào phát sinh từ 01/7/2025 (khoản 2 Điều 39 Nghị định 181/2025).
- Nếu doanh nghiệp có hàng hóa chịu nhiều mức thuế suất, số được hoàn tính theo đầu vào hạch toán riêng cho hàng 5% hoặc theo tỷ lệ doanh thu hàng 5% trên tổng doanh thu chịu thuế của kỳ hoàn (Điều 31 Nghị định 181/2025).
- Phải đáp ứng điều kiện hoàn chung: kê khai khấu trừ, có sổ sách kế toán, tài khoản ngân hàng theo mã số thuế, đáp ứng điều kiện khấu trừ đầu vào.
Từ 01/01/2026, điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế với hóa đơn đã xuất” bị bãi bỏ theo khoản 3 Điều 1 Luật 149/2025/QH15. Chi tiết thủ tục có ở bài hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp chỉ bán hàng chịu thuế 5%.
5. Tác động tới khách hàng và chuỗi phân phối
Doanh nghiệp thương mại phân bón
Đại lý, công ty phân phối kê khai khấu trừ: đầu vào 5% từ nhà sản xuất được khấu trừ, đầu ra tính 5%. Về cơ bản, thuế được chuyển qua chuỗi. Việc cần làm là cập nhật thuế suất trên phần mềm và hợp đồng.
Hợp tác xã, doanh nghiệp nông nghiệp
Đơn vị kê khai khấu trừ mua phân bón, máy nông nghiệp được khấu trừ 5% đầu vào nếu hóa đơn hợp pháp và thanh toán không dùng tiền mặt với giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên (đã gồm thuế).
Lưu ý: nếu doanh nghiệp vừa có hoạt động chịu thuế vừa có hoạt động không chịu thuế (ví dụ tự trồng trọt bán nông sản thô), thuế đầu vào dùng chung phải phân bổ. Xem bài phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung.
Hộ, cá nhân sản xuất nông nghiệp
Người mua không kê khai khấu trừ thì không lấy lại được 5% thuế đầu vào. Với họ, thuế là một phần giá mua. Mức giá cuối cùng tăng hay giảm còn tùy việc nhà sản xuất có chuyển phần lợi từ khấu trừ đầu vào sang giá bán hay không.
6. Lập hóa đơn, kê khai và xử lý hợp đồng cũ
Hóa đơn đầu ra
Từ 01/7/2025, doanh nghiệp kê khai khấu trừ bán phân bón, máy nông nghiệp chuyên dùng phải lập hóa đơn GTGT ghi thuế suất 5% và số tiền thuế. Thời điểm lập hóa đơn bán hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa, không phân biệt đã thu tiền hay chưa. Vì vậy, lô hàng giao từ 01/7/2025 thì áp thuế suất mới, kể cả khi hợp đồng ký trước đó.
Từ 01/7/2026, quy định về hóa đơn điện tử chuyển sang Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC, thay Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Nguyên tắc thời điểm lập hóa đơn khi bán hàng hóa vẫn được giữ.
Tờ khai GTGT
Doanh thu hàng 5% được kê khai ở chỉ tiêu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5% trên tờ khai GTGT của kỳ lập hóa đơn. Thuế đầu vào phục vụ sản xuất hàng 5% kê khai khấu trừ như hàng chịu thuế thông thường. Kế toán nên mở sổ theo dõi riêng số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết theo từng kỳ kể từ tháng 7/2025 hoặc quý III/2025, vì đây là căn cứ để chứng minh điều kiện “12 tháng liên tục hoặc 4 quý liên tục” khi đề nghị hoàn.
Hợp đồng ký trước 01/7/2025
Hợp đồng dài hạn thường ghi đơn giá “không chịu thuế GTGT” hoặc “đã bao gồm thuế”. Khi thuế suất đổi, hai bên cần thống nhất lại: giữ đơn giá chưa thuế và cộng thêm 5%, hay giữ tổng giá thanh toán. Thỏa thuận nên lập thành phụ lục hợp đồng để làm căn cứ lập hóa đơn và giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra.
Thử nhanh 1 câu
Doanh nghiệp bán phân bón cho đại lý ngày 15/10/2026. Thuế suất GTGT ghi trên hóa đơn là bao nhiêu?
- Không chịu thuế
- 8%
- 5%
- 10%
Xem đáp án
Đáp án: 5%. Phân bón chịu 5% từ 01/7/2025 theo Điều 9 Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 và không thuộc diện giảm 2% (chỉ áp cho nhóm 10%).
7. Việc doanh nghiệp cần làm ngay
Checklist cho doanh nghiệp phân bón, máy nông nghiệp
- Cập nhật thuế suất 5% cho mã hàng phân bón, máy chuyên dùng trên phần mềm hóa đơn
- Rà hợp đồng dài hạn ký trước 01/7/2025 có ghi "không chịu thuế"
- Thu thập đủ hóa đơn GTGT đầu vào, thanh toán chuyển khoản với khoản từ 5 triệu
- Theo dõi lũy kế thuế đầu vào chưa khấu trừ hết theo từng kỳ từ 01/7/2025
- Hạch toán riêng đầu vào của hàng 5% nếu có nhiều thuế suất
- Chuẩn bị hồ sơ hoàn khi đủ 12 tháng hoặc 4 quý liên tục và từ 300 triệu
Những lỗi thường gặp
- Vẫn hạch toán thuế đầu vào vào giá vốn như thời kỳ không chịu thuế, làm mất quyền khấu trừ.
- Ghi 8% cho phân bón vì nghĩ được giảm 2%: phân bón chịu 5%, không thuộc diện giảm.
- Tính cả thuế đầu vào trước 01/7/2025 vào hồ sơ hoàn của hàng 5%.
- Không tách đầu vào khi vừa sản xuất phân bón vừa sản xuất mặt hàng chịu 10%.
- Áp 5% cho máy móc không có trong danh mục chuyên dùng của Chính phủ.
Số liệu sai thuế suất khi bị phát hiện có thể dẫn tới truy thu, phạt 20% số thuế khai thiếu và tiền chậm nộp 0,03%/ngày. Phát hiện sớm thì khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra để không bị phạt hành vi khai sai.
Kết luận
Phân bón và máy nông nghiệp chịu thuế GTGT 5% là thay đổi có lợi cho doanh nghiệp sản xuất nếu tổ chức tốt chứng từ đầu vào: được khấu trừ và có đường hoàn thuế riêng. Ngược lại, hạch toán theo thói quen cũ dễ làm mất quyền khấu trừ hoặc khai sai.
Nếu doanh nghiệp của bạn đang lũy kế số thuế đầu vào lớn và muốn kiểm tra điều kiện hoàn, TAVA có thể hỗ trợ qua dịch vụ kế toán thuế trọn gói. Bạn cũng có thể tra bảng thuế suất GTGT 0%, 5%, 10% hoặc liên hệ TAVA.