Kiểm tra thuế doanh nghiệp từ 2026: bỏ thanh tra, cần chuẩn bị gì?

Từ 01/7/2026, kiểm tra thuế doanh nghiệp thay đổi về bản chất: Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 bỏ toàn bộ quy định thanh tra thuế, cơ quan thuế chỉ còn kiểm tra, và kiểm tra được thực hiện dựa trên quản lý rủi ro, ưu tiên trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử. Điều này không có nghĩa doanh nghiệp được soát xét “nhẹ” hơn. Ngược lại, sai lệch giữa hóa đơn, tờ khai và dòng tiền sẽ dễ lộ ra hơn. Bài viết giải thích cơ chế mới và những việc doanh nghiệp nên chuẩn bị.

Vì sao luật mới bỏ thanh tra thuế?

Luật 108/2025 chuyển trọng tâm quản lý thuế sang mức độ tuân thủ và rủi ro (Điều 32–34) và chỉ còn quy định kiểm tra thuế (Điều 22); nguyên tắc đầu tiên của kiểm tra là áp dụng quản lý rủi ro, ứng dụng công nghệ thông tin, ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử (điểm a khoản 1 Điều 22). Thay vì tổ chức các cuộc thanh tra dài ngày tại trụ sở, cơ quan thuế khai thác dữ liệu hóa đơn điện tử, tờ khai, chứng từ nộp thuế và các nguồn dữ liệu khác để chọn đối tượng cần kiểm tra.

Luật cũng yêu cầu hoạt động kiểm tra thuế không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian với thanh tra, kiểm tra của cơ quan khác và với Kiểm toán nhà nước, trừ khi có bằng chứng vi phạm cần kiểm tra lại (điểm d khoản 1 Điều 22). Doanh nghiệp vì thế giảm được tình trạng một nội dung bị nhiều đoàn xem xét.

Phân loại người nộp thuế theo 4 mức tuân thủ

Theo các bản tin giới thiệu Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế được phân loại theo 4 mức tuân thủ, rủi ro (Ban biên tập chưa đọc đến điều này trong bản ảnh 839 trang). Mức phân loại là căn cứ để cơ quan thuế quyết định tần suất, phạm vi kiểm tra và cách xử lý một số thủ tục như hoàn thuế.

Doanh nghiệp không tự chọn mức của mình. Mức được cơ quan thuế xác định từ dữ liệu quản lý. Tiêu chí chi tiết của từng mức, TAVA sẽ cập nhật khi đối chiếu đủ toàn văn thông tư; về nguyên tắc, việc chấp hành đúng hạn, không nợ đọng và dữ liệu khai khớp với dữ liệu hóa đơn là những yếu tố doanh nghiệp chủ động kiểm soát được.

Kiểm tra thuế từ xa diễn ra như thế nào?

Kiểm tra trực tuyến, từ xa nghĩa là cơ quan thuế phân tích dữ liệu điện tử sẵn có trước, rồi mới yêu cầu doanh nghiệp giải trình những điểm bất thường. Các tín hiệu rủi ro thường được hệ thống phát hiện:

• Doanh thu trên tờ khai GTGT thấp hơn tổng hóa đơn đầu ra trên hệ thống hóa đơn điện tử.
• Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ lớn bất thường so với doanh thu.
• Hóa đơn đầu vào từ người bán có rủi ro, ngừng hoạt động hoặc bỏ địa chỉ kinh doanh.
• Hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên nhưng không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
• Lỗ kéo dài nhiều năm nhưng vẫn mở rộng hoạt động.
• Chênh lệch giữa chi phí tiền lương và dữ liệu khấu trừ TNCN, bảo hiểm xã hội.

Khi nhận yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (khoản 2 Điều 22 Luật 108/2025), doanh nghiệp cần trả lời đúng hạn và chính xác. Lưu ý: khi doanh nghiệp là bên nắm giữ thông tin của người nộp thuế khác (ví dụ tiền lương, thu nhập của người lao động), Điều 19 NĐ 125/2020 sửa bởi NĐ 310/2025 phạt 2–6 triệu đồng nếu cung cấp chậm từ 05 ngày, 6–10 triệu đồng nếu cung cấp không chính xác, 10–16 triệu đồng nếu không cung cấp.

Tự sửa sai trước khi có quyết định kiểm tra

Thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra (hoặc phát hiện không qua kiểm tra tại trụ sở) là ranh giới quan trọng. Nếu doanh nghiệp khai bổ sung và tự giác nộp đủ số thuế còn thiếu trước thời điểm này, doanh nghiệp không bị phạt hành vi khai sai (điểm a khoản 2 Điều 44 Luật 108/2025), vẫn nộp tiền chậm nộp. Sau thời điểm này, sai sót bị phát hiện sẽ bị xử lý theo Nghị định 125/2020 đã sửa đổi.

Hành vi	Mức xử lý	Căn cứ
Khai sai dẫn đến thiếu thuế hoặc tăng số được hoàn, miễn, giảm	Phạt 20% số thuế khai thiếu, hưởng sai	Điều 16 NĐ 125/2020
Trốn thuế	Phạt 1–3 lần số thuế trốn	Điều 17 NĐ 125/2020
Số thuế thiếu	Truy thu kèm tiền chậm nộp 0,03%/ngày	Luật 108/2025

Ví dụ minh họa (số liệu giả định): công ty P bị kiểm tra phát hiện khai thiếu 150 triệu đồng thuế TNDN do hạch toán chi phí không đủ điều kiện. Khoản phạt khai sai là 150.000.000 × 20% = 30.000.000 đồng, cộng với số thuế truy thu và tiền chậm nộp. Nếu công ty tự phát hiện, khai bổ sung và nộp đủ trước quyết định kiểm tra, khoản 30 triệu đồng không phát sinh.

Nghị định 310/2025 cũng quy định: khai sai nhiều chỉ tiêu trên một hồ sơ vừa thuộc diện phạt thủ tục, vừa thuộc diện phạt thiếu thuế (Điều 16) hoặc trốn thuế (Điều 17) thì chỉ phạt một hành vi theo Điều 16 hoặc 17 (điểm g khoản 3 Điều 5 NĐ 125/2020). Với vi phạm thủ tục thuế, hóa đơn: một tình tiết giảm nhẹ hoặc tăng nặng thì mức phạt giảm hoặc tăng 10% so với mức trung bình của khung; từ hai tình tiết trở lên áp dụng mức tối thiểu hoặc tối đa của khung (điểm d khoản 4 Điều 7 NĐ 125/2020).

Hướng dẫn chi tiết cách sửa sai xem tại bài khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong 5 năm.

Kỳ đã kiểm tra có bị xem lại không?

Với sai sót thuộc phạm vi, thời kỳ đã được kiểm tra làm tăng số thuế phải nộp, doanh nghiệp bổ sung hồ sơ giải trình để cơ quan thuế xem xét chấp thuận, và bị xử lý như trường hợp cơ quan thuế phát hiện (điểm d khoản 5 Điều 12 Luật 108/2025). Tuy nhiên có một ngoại lệ quan trọng theo Nghị định 252/2026: khi có kết luận, bản án hoặc quyết định xác định người bán sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn, người mua phải khai bổ sung điều chỉnh nghĩa vụ thuế của hóa đơn đó, kể cả kỳ đã thanh tra, kiểm tra.

Nói cách khác, “đã kiểm tra xong” không phải tấm khiên tuyệt đối. Rủi ro từ hóa đơn đầu vào có thể quay lại bất cứ lúc nào trong thời hạn quản lý thuế. Đọc thêm: phân biệt sử dụng hóa đơn bất hợp pháp và sử dụng bất hợp pháp hóa đơn.

Chuyển tiếp: cuộc kiểm tra đang dở dang

Các cuộc kiểm tra đã có quyết định trước 01/7/2026 nhưng chưa kết luận tiếp tục thực hiện theo Luật 38/2019/QH14 (khoản 3 Điều 53 Luật 108/2025). Doanh nghiệp đang trong một cuộc kiểm tra như vậy không nên tự áp dụng quy định mới khi làm việc với đoàn kiểm tra.

Ngoài ra, thời hạn khai bổ sung theo luật mới chỉ còn 5 năm. Doanh nghiệp nên tập trung rà soát các kỳ gần nhất, là những kỳ có khả năng bị kiểm tra và vẫn còn trong thời hạn tự sửa sai.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì?

Những lỗi thường gặp

• Nghĩ rằng bỏ thanh tra là bớt rủi ro, nên lơ là đối chiếu dữ liệu.
• Bỏ qua yêu cầu giải trình gửi qua tài khoản điện tử, dẫn tới bị phạt không cung cấp thông tin.
• Phát hiện sai sót nhưng chờ đến khi có quyết định kiểm tra mới xử lý, mất cơ hội không bị phạt 20%.
• Lưu chứng từ rời rạc, không chứng minh được giao dịch thật khi được yêu cầu.

Kết luận

Kiểm tra thuế theo luật 2025 dựa trên dữ liệu và rủi ro: doanh nghiệp càng tuân thủ tốt, dữ liệu càng khớp thì càng ít bị làm phiền. Cách chuẩn bị hiệu quả nhất là rà soát định kỳ và tự khai bổ sung sớm khi phát hiện sai sót. Tổng quan luật mới xem tại bài Luật Quản lý thuế 108/2025.

TAVA có dịch vụ rà soát sổ sách kế toán để đối chiếu dữ liệu hóa đơn, tờ khai, chi phí trước khi cơ quan thuế làm việc. Bạn có thể liên hệ để trao đổi phạm vi rà soát.