Từ 01/7/2026, doanh nghiệp chỉ còn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ của kỳ có sai sót, thay vì 10 năm như Luật Quản lý thuế 2019. Nếu tự phát hiện và khai bổ sung, nộp đủ thuế trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, doanh nghiệp không bị phạt hành vi khai sai, chỉ phải nộp tiền chậm nộp. Bài viết hướng dẫn cách xác định thời hạn, các bước khai bổ sung và chi phí thực tế phải trả.
Thời hạn khai bổ sung theo Luật Quản lý thuế 108/2025
Khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 quy định người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót.
| Nội dung | Luật 38/2019/QH14 | Luật 108/2025/QH15 (từ 01/7/2026) |
|---|---|---|
| Thời hạn khai bổ sung | 10 năm | 05 năm |
| Mốc bắt đầu tính | Ngày hết hạn nộp hồ sơ của kỳ sai sót | Ngày hết hạn nộp hồ sơ của kỳ sai sót |
| Nội dung đã kiểm tra, thanh tra | Hồ sơ giải trình | Hồ sơ giải trình, cơ quan thuế xem xét chấp thuận (điểm d khoản 5 Điều 12) |
| Quá thời hạn khai bổ sung | – | Không được khai bổ sung, chỉ được nộp hồ sơ giải trình (khoản 8 Điều 12 NĐ 252/2026) |
Ví dụ minh họa: tờ khai quyết toán TNDN năm 2024 có hạn nộp 31/3/2025. Thời hạn 5 năm tính từ ngày này, nên doanh nghiệp còn được khai bổ sung kỳ quyết toán 2024 đến khoảng tháng 3/2030.
Khi nào doanh nghiệp nên khai bổ sung?
Khai bổ sung dùng khi hồ sơ đã nộp có sai sót làm ảnh hưởng số thuế phải nộp, số được khấu trừ, hoàn, miễn, giảm. Các tình huống hay gặp:
- Bỏ sót hóa đơn đầu ra hoặc kê khai trùng hóa đơn đầu vào.
- Kê khai khấu trừ hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên nhưng thực tế thanh toán bằng tiền mặt.
- Hạch toán chi phí không đủ điều kiện được trừ khi quyết toán TNDN.
- Nhận hóa đơn điều chỉnh, thay thế từ người bán liên quan kỳ trước.
- Có kết luận, bản án, quyết định xác định người bán sử dụng hóa đơn không hợp pháp.
Với tình huống cuối, Nghị định 252/2026 yêu cầu người mua phải khai bổ sung điều chỉnh nghĩa vụ thuế của hóa đơn tương ứng, kể cả kỳ đã thanh tra, kiểm tra. Đây là nghĩa vụ, không phải lựa chọn. Xem thêm hóa đơn bất hợp pháp: người mua phải khai bổ sung.
Khai bổ sung có bị phạt không?
Đây là câu hỏi quan trọng nhất. Theo Nghị định 125/2020 (đã sửa bởi Nghị định 310/2025), câu trả lời phụ thuộc vào thời điểm khai bổ sung:
Hậu quả của việc khai sai làm thiếu thuế
| Tình huống | Tự khai bổ sung trước khi có quyết định kiểm tra | Bị cơ quan thuế phát hiện |
|---|---|---|
| Phạt khai sai | Không phạt | 20% số thuế khai thiếu |
| Tiền chậm nộp | 0,03%/ngày | 0,03%/ngày |
| Số thuế thiếu | Nộp đủ | Truy thu |
Điều kiện để không bị phạt (khoản 3 Điều 9 NĐ 125/2020 sửa bởi NĐ 310/2025) là khai bổ sung và tự giác nộp đủ số thuế trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, cơ quan có thẩm quyền khác công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở, hoặc trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền phát hiện. Chỉ nộp tờ khai bổ sung mà chưa nộp tiền thì chưa đáp ứng.
Nếu hành vi bị xác định là trốn thuế, mức phạt từ 1 đến 3 lần số thuế trốn theo Điều 17 Nghị định 125/2020. Khai bổ sung tự nguyện, kịp thời là cách tốt nhất để không rơi vào tình huống này.
Cách tính số tiền phải nộp khi khai bổ sung
Khi khai bổ sung làm tăng số thuế, doanh nghiệp nộp hai khoản: số thuế còn thiếu và tiền chậm nộp. Tiền chậm nộp tính bằng 0,03% mỗi ngày trên số thuế chậm nộp, từ ngày tiếp theo ngày hết hạn nộp thuế của kỳ sai sót đến ngày nộp đủ.
Ví dụ minh họa (số liệu giả định): công ty D phát hiện tờ khai GTGT một kỳ khai thiếu 40.000.000 đồng thuế. Tính đến ngày nộp bổ sung là 100 ngày chậm nộp.
- Tiền chậm nộp: 40.000.000 × 0,03% × 100 = 1.200.000 đồng.
- Nếu tự khai bổ sung, nộp đủ trước khi có quyết định kiểm tra: tổng phải nộp 41.200.000 đồng, không bị phạt.
- Nếu bị cơ quan thuế phát hiện khi kiểm tra: phạt thêm 20% × 40.000.000 = 8.000.000 đồng, chưa kể tiền chậm nộp tiếp tục tăng theo ngày.
Chi tiết cách đếm ngày xem tại bài tiền chậm nộp thuế 0,03%/ngày.
Khai bổ sung làm giảm thuế hoặc thay đổi số được khấu trừ
Không phải lần khai bổ sung nào cũng làm tăng số thuế. Có ba hướng thường gặp:
- Tăng số thuế phải nộp: nộp số thuế còn thiếu và tiền chậm nộp như ví dụ trên.
- Giảm số thuế phải nộp: phần đã nộp thừa được xử lý theo quy định về bù trừ hoặc hoàn thuế; không phát sinh tiền chậm nộp.
- Tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau: khai số chênh lệch tăng, giảm vào kỳ phát hiện sai sót (điểm a khoản 6 Điều 12 NĐ 252/2026). Thuế GTGT đề nghị hoàn chỉ được khai bổ sung tăng khi chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn.
Hiểu lầm
Khai bổ sung là "tự thú", càng làm càng dễ bị kiểm tra nên tốt nhất để yên.
Sự thật
Luật cho phép tự sửa sai và không phạt khai sai nếu nộp đủ trước quyết định kiểm tra. Để yên, sai sót vẫn nằm trong dữ liệu điện tử của cơ quan thuế.
Các bước khai bổ sung hồ sơ khai thuế
Xác định kỳ sai sót và thời hạn
Kiểm tra kỳ còn trong 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ; kỳ đó đã bị kiểm tra hay chưa.
Tập hợp chứng từ chứng minh
Hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán, biên bản đối chiếu với người bán, người mua.
Lập hồ sơ khai bổ sung
Lập theo mẫu của kỳ sai sót kèm bản giải thích bổ sung; kỳ trước 01/7/2026 lưu ý mẫu chuyển tiếp.
Tự tính và nộp thuế, tiền chậm nộp
Nộp đủ số thuế tăng thêm và tiền chậm nộp ngay sau khi khai.
Điều chỉnh sổ sách
Hạch toán điều chỉnh, cập nhật báo cáo tài chính nếu sai sót trọng yếu.
Mẫu hồ sơ khai bổ sung theo Thông tư 89/2026 được áp dụng từ 01/7/2026. Xem Thông tư 89/2026 và chuyển tiếp mẫu tờ khai. Nếu sai sót đến từ hóa đơn, bạn có thể tham khảo thêm cách xử lý các trường hợp sai hóa đơn GTGT. Khi đã nộp tiền nhưng sai thông tin chứng từ, xem lập thư tra soát thuế.
Khai bổ sung với nội dung đã kiểm tra, thanh tra
Với sai sót liên quan phạm vi, thời kỳ đã được cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra mà làm tăng số thuế phải nộp (hoặc giảm số được miễn, giảm, hoàn, khấu trừ), doanh nghiệp không tự khai bổ sung như bình thường. Thay vào đó, doanh nghiệp bổ sung hồ sơ giải trình (nêu nội dung, lý do, thời kỳ, số thuế điều chỉnh và chứng cứ – khoản 4 Điều 12 NĐ 252/2026); cơ quan thuế chấp thuận thì ra thông báo cho điều chỉnh. Trường hợp này người nộp thuế vẫn bị xử lý như khi cơ quan thuế phát hiện (điểm d khoản 5 Điều 12 Luật 108/2025).
Ngoại lệ quan trọng là trường hợp người bán bị kết luận sử dụng hóa đơn không hợp pháp: người mua phải khai bổ sung cả với kỳ đã kiểm tra. Khoản thuế GTGT đầu vào của hóa đơn đó không được khấu trừ và chi phí liên quan không được trừ khi tính TNDN.
Những lỗi thường gặp khi khai bổ sung
Tránh các lỗi sau
- Chỉ nộp tờ khai bổ sung, chưa nộp tiền thuế còn thiếu
- Quên tự tính tiền chậm nộp hoặc tính sai số ngày
- Khai bổ sung kỳ đã kiểm tra mà không nộp hồ sơ giải trình
- Không điều chỉnh sổ sách, báo cáo tài chính tương ứng
- Chờ quá lâu, để sai sót vượt thời hạn 5 năm hoặc bị phát hiện khi kiểm tra
Lỗi đáng tiếc nhất là phát hiện sai sót nhưng để đến khi có quyết định kiểm tra mới xử lý. Khi đó, khoản phạt 20% không còn tránh được.
Kết luận
Thời hạn khai bổ sung rút còn 5 năm khiến việc rà soát định kỳ trở nên cần thiết hơn. Doanh nghiệp nên soát sổ sách các năm gần nhất, khai bổ sung và nộp đủ thuế sớm để chỉ chịu tiền chậm nộp thay vì cả tiền phạt. Tổng quan các thay đổi khác xem tại bài Luật Quản lý thuế 108/2025.
TAVA cung cấp dịch vụ rà soát sổ sách kế toán để phát hiện sai sót trước khi cơ quan thuế kiểm tra. Bạn có thể liên hệ để được tư vấn phạm vi rà soát phù hợp.