Thủ tục áp dụng hiệp định tránh đánh thuế hai lần từ 01/7/2026

Thủ tục áp dụng hiệp định tránh đánh thuế hai lần từ ngày 01/7/2026 chuyển sang khung văn bản mới: Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC. Miễn, giảm thuế theo hiệp định được xếp vào các trường hợp miễn, giảm thuế thuộc thẩm quyền cơ quan thuế. Thông tư 80/2021 đã bị bãi bỏ, nên quy trình cũ không còn là hướng dẫn hiện hành. Bài viết tóm những điểm đã rõ từ văn bản gốc và chỉ ra phần còn chờ đối chiếu để doanh nghiệp không làm theo hướng dẫn cũ.

Tóm tắt nhanh đọc trong 30 giây

1. Từ 01/7/2026: căn cứ là Luật QLT 108/2025, Nghị định 252/2026, Thông tư 89/2026.
2. Miễn, giảm theo hiệp định thuộc điểm d khoản 1 Điều 32 Nghị định 252/2026.
3. Thông tư 80/2021 đã bị bãi bỏ từ 01/7/2026.
4. "Thông tư 95/2026" được một số nguồn nhắc tới nhưng chưa xác minh trên cổng chính thức.

1. Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giúp gì cho doanh nghiệp?

Hiệp định tránh đánh thuế hai lần là điều ước giữa Việt Nam và một nước, vùng lãnh thổ khác. Hiệp định phân chia quyền đánh thuế giữa hai nước với từng loại thu nhập. Nhờ đó, một khoản thu nhập không bị cả hai nước đánh thuế đầy đủ.

Với doanh nghiệp Việt Nam trả tiền ra nước ngoài, hiệp định ảnh hưởng trực tiếp tới thuế nhà thầu. Một số khoản thu nhập có thể được miễn thuế tại Việt Nam, hoặc chịu mức thuế thấp hơn tỷ lệ thông thường. Ví dụ hay gặp là lợi nhuận từ dịch vụ khi bên nước ngoài không có cơ sở thường trú theo định nghĩa của hiệp định, tiền lãi và tiền bản quyền.

Mức ưu đãi cụ thể khác nhau theo từng hiệp định. Doanh nghiệp cần đọc đúng hiệp định với nước của đối tác, không suy từ hiệp định khác.

2. Khung văn bản về hiệp định thuế từ 01/7/2026

Nội dung	Văn bản trước đây	Văn bản hiện hành (đã xác minh)
Luật Quản lý thuế	Luật 38/2019/QH14	Luật 108/2025/QH15 (Điều 30, 31: quản lý thuế quốc tế, MAP, APA)
Nghị định hướng dẫn	Nghị định 126/2020	Nghị định 252/2026 (điểm d khoản 1 Điều 32; Điều 33)
Thủ tục hành chính thuế	Thông tư 80/2021	Thông tư 89/2026 – bãi bỏ Thông tư 80/2021 (điểm h khoản 3 Điều 99)
Hướng dẫn nội dung hiệp định, APA	Thông tư 205/2013, Thông tư 45/2021	Chưa xác minh được văn bản thay thế

Thông tư 205/2013 và Thông tư 45/2021 không nằm trong danh sách bãi bỏ tại Điều 99 Thông tư 89/2026. Một số nguồn thứ cấp nói hai thông tư này đã được thay bằng “Thông tư 95/2026/TT-BTC”, nhưng TAVA chưa tìm thấy văn bản đó trên các cổng chính thức. Doanh nghiệp nên hỏi cơ quan thuế về văn bản hướng dẫn đang áp dụng.

3. Thủ tục miễn, giảm thuế theo hiệp định trong Nghị định 252/2026

Điểm d khoản 1 Điều 32 Nghị định 252/2026 liệt kê “miễn thuế, giảm thuế theo quy định của Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác” là một trường hợp miễn, giảm thuế. Khoản 3 Điều 32 giao Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn.

Điều 33 Nghị định 252/2026 quy định thời hạn chung cho hồ sơ miễn, giảm thuế:

• Cơ quan quản lý thuế thông báo tiếp nhận hoặc không tiếp nhận trong 03 ngày làm việc; nếu hồ sơ miễn, giảm đồng thời là hồ sơ khai thuế thì thông báo tiếp nhận hồ sơ khai thuế là thông báo tiếp nhận hồ sơ miễn, giảm.
• Nếu cơ quan thuế xác định số tiền được miễn, giảm: trong 30 ngày làm việc kể từ thông báo tiếp nhận, phải có quyết định, thông báo miễn, giảm hoặc thông báo lý do không được miễn, giảm (không tính thời gian người nộp thuế giải trình, bổ sung).
• Nếu pháp luật cho phép người nộp thuế tự xác định số miễn, giảm thì cơ quan thuế không ban hành quyết định.

Trường hợp cụ thể nào thuộc diện tự xác định, trường hợp nào phải chờ cơ quan thuế xác định khi áp dụng hiệp định, cần đối chiếu Thông tư 89/2026.

Với nhà cung cấp nước ngoài kinh doanh qua nền tảng thương mại điện tử, khoản 4 Điều 40 Nghị định 252/2026 cho phép làm thủ tục miễn, giảm theo điểm d khoản 1 Điều 32 nếu thuộc nước đã ký hiệp định với Việt Nam. Xem bài nhà cung cấp nước ngoài bán qua nền tảng số.

4. Ai là đối tượng cư trú được áp dụng hiệp định?

Hiệp định chỉ áp dụng cho đối tượng cư trú của một hoặc cả hai nước ký kết. Định nghĩa cụ thể nằm trong điều khoản “đối tượng cư trú” của từng hiệp định. Theo cách hiểu của Ban biên tập, các hiệp định thường dẫn chiếu pháp luật nội địa: ở Việt Nam, cá nhân cư trú xác định theo pháp luật thuế TNCN; bên nước ngoài phải là đối tượng cư trú của nước ký hiệp định theo pháp luật nước đó.

4.1. Khi một cá nhân cư trú ở cả hai nước

Nhiều hiệp định (theo mẫu phổ biến) có quy tắc phân định khi một cá nhân là đối tượng cư trú của cả hai nước, xét lần lượt:

Thứ tự trên cần đối chiếu đúng câu chữ của hiệp định cụ thể. Nó quan trọng với chuyên gia nước ngoài làm việc tại Việt Nam mà vẫn giữ nơi ở ở nước nhà.

5. MAP và APA theo Luật Quản lý thuế 108/2025

Điều 30 Luật 108/2025 định nghĩa:

• MAP (thủ tục thỏa thuận song phương): thỏa thuận bằng văn bản giữa cơ quan thuế Việt Nam và cơ quan thuế nước đã ký hiệp định, để giải quyết tranh chấp, tránh đánh thuế hai lần hoặc xử lý việc đánh thuế không đúng hiệp định.
• APA (thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế): thỏa thuận về phương pháp xác định giá giao dịch liên kết, đơn phương hoặc song phương, đa phương.

Điều 31 quy định thỏa thuận MAP được thực hiện theo hiệp định đó; APA áp dụng trên cơ sở đề nghị của người nộp thuế, có hiệu lực từ kỳ tính thuế ký kết hoặc năm liền kề sau năm ký kết theo nội dung thỏa thuận. Quy trình chi tiết do Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định. Xem thêm APA là gì.

6. Chủ sở hữu thực hưởng: điều kiện hay bị bỏ qua

Với tiền lãi, tiền bản quyền, cổ tức, ưu đãi theo hiệp định thường chỉ dành cho chủ sở hữu thực hưởng. Đó là người thực sự có quyền với thu nhập, không phải trung gian nhận hộ để chuyển tiếp cho người khác.

Theo các nguồn thứ cấp, Thông tư 89/2026 có quy định các trường hợp không được coi là chủ sở hữu thực hưởng (điểm a đến g khoản 3 Điều 10). TAVA chưa đối chiếu được nội dung này với bản gốc. Về nguyên tắc, công ty “ống dẫn” được lập ở nước có hiệp định chỉ để hưởng ưu đãi thì rủi ro bị từ chối rất cao.

7. Doanh nghiệp nên chuẩn bị gì khi chờ hướng dẫn chi tiết?

Danh mục giấy tờ chính xác đang chờ đối chiếu. Tuy vậy, có những việc chuẩn bị nên làm ngay vì hiệp định nào cũng cần:

Khi chưa đủ hồ sơ, cách an toàn là khấu trừ theo tỷ lệ thông thường trong bảng tỷ lệ thuế TNDN nhà thầu. Doanh nghiệp xem xét thủ tục hoàn hoặc điều chỉnh sau khi đủ điều kiện, theo hướng dẫn của cơ quan thuế.

Ví dụ minh họa (tình huống giả định): Công ty H tại Việt Nam ký hợp đồng tư vấn với một công ty ở nước có hiệp định thuế với Việt Nam. Đối tác chưa gửi được giấy tờ chứng minh cư trú trước kỳ thanh toán đầu tiên. Công ty H khấu trừ thuế nhà thầu theo tỷ lệ thông thường, khai tờ khai khấu trừ nộp thay đúng hạn. Khi đối tác bổ sung đủ hồ sơ, Công ty H hỏi cơ quan thuế về cách xử lý số thuế đã nộp theo văn bản mới. Cách làm này tránh rủi ro khấu trừ thiếu nếu hồ sơ hiệp định không được chấp nhận.

8. Những lỗi thường gặp khi áp dụng hiệp định

• Tự áp mức ưu đãi khi chưa có hồ sơ chứng minh cư trú.
• Dùng nhầm hiệp định của nước nơi công ty mẹ tối cao đặt trụ sở, thay vì nước của bên nhận tiền.
• Bỏ qua điều kiện chủ sở hữu thực hưởng với lãi vay, bản quyền.
• Làm theo quy trình Thông tư 80/2021 cho các khoản thanh toán sau 01/7/2026.
• Dẫn một văn bản chưa xác minh (như “Thông tư 95/2026”) trong hồ sơ gửi cơ quan thuế.
• Không lưu hồ sơ đủ thời gian để giải trình khi bị kiểm tra.

9. Kết luận

Từ 01/7/2026, căn cứ đã xác minh để áp dụng hiệp định tránh đánh thuế hai lần là Luật Quản lý thuế 108/2025, Nghị định 252/2026 (Điều 32, 33) và Thông tư 89/2026. Những phần đã rõ gồm vị trí của thủ tục miễn, giảm theo hiệp định, thời hạn giải quyết hồ sơ, nguyên tắc MAP, APA và việc Thông tư 80/2021 hết hiệu lực. Danh mục hồ sơ chi tiết và văn bản hướng dẫn nội dung hiệp định thay Thông tư 205/2013 đang chờ đối chiếu, TAVA sẽ cập nhật. Tổng quan thuế nhà thầu có trong bài thuế nhà thầu nước ngoài 2026.

Nếu doanh nghiệp thường xuyên thanh toán cho đối tác ở nước có hiệp định, dịch vụ kế toán thuế trọn gói của TAVA có thể theo dõi hồ sơ và thời hạn. Bạn có thể liên hệ TAVA để trao đổi tình huống cụ thể, hoặc xem các bài khác tại chuyên mục Tập đoàn & FDI.